No começo do século XIX, teve início o povoamento do território, integrante do município de Jacaraci, por fazendeiros que ali se fixaram, desenvolvendo a agropecuária.

Em 1886, Balbino Coelho comprou o sítio Lagoa da Malva onde se estabeleceu com sua família, e dos irmãos Carvalho. Formou-se então o povoado de Boa Vista, em 1892. No mesmo ano, Júlio Carvalho instalou uma loja de tecidos, iniciando o comércio do povoado.

Em 1921 foi construída a capela de São José e, em 1930 a primeira escola pública.

O distrito foi criado com nome de "Tabajara" em 1938 pela lei nº 11.089. Em 1943, alterou-se o topônimo para Mortugaba.

O município, desmembrado do de Jacaraci, foi criado em 30 de novembro de 1961 pela lei nº 1.566. Teve como primeiro Prefeito o Sr. Israel Silva.

Origem do nome
O nome Mortugaba é de origem indígena Tupi, o vocábulo significa habitação do povo.